Πρόκειται για μια από τις αρχαιότερες πόλεις της Κρήτης με ιστορία που εκτείνεται πάνω από 5.000 χρόνια. Η περιοχή κατοικήθηκε από τη Μινωική εποχή, με την αρχαία πόλη της Κυδωνίας να αποτελεί έναν από τους σημαντικότερους μινωικούς οικισμούς. Ο λόφος Καστέλι, πάνω από το παλιό λιμάνι, αποτέλεσε το σημείο του πρώτου οικισμού, ο οποίος εξελίχθηκε και αναπτύχθηκε συνδυάζοντας τη γεωργία με το εμπόριο και τη ναυτιλία. Κατά τη διάρκεια των αιώνων, τα Χανιά πέρασαν υπό την κυριαρχία των Ρωμαίων και αργότερα των Βυζαντινών, αφήνοντας σημαντικά αρχαιολογικά ευρήματα και μνημεία.

Η στρατηγική θέση των Χανίων τράβηξε την προσοχή των Βενετών τον 13ο αιώνα, οι οποίοι κατέλαβαν την πόλη και την μεταμόρφωσαν σε ένα σημαντικό εμπορικό και πολιτιστικό κέντρο. Η βενετική αρχιτεκτονική και τα οχυρωματικά έργα, όπως το φρούριο του Φιρκά και τα Νεώρια, παραμένουν μέχρι σήμερα και αποτελούν μάρτυρες αυτής της εποχής. Το 1645, η πόλη έπεσε στα χέρια των Οθωμανών, οι οποίοι άφησαν επίσης το στίγμα τους με την κατασκευή τζαμιών και λουτρών. Η πολύχρωμη ιστορία των Χανίων, με τις εναλλαγές κατακτητών και πολιτισμών, έχει διαμορφώσει μια μοναδική ταυτότητα που συνδυάζει στοιχεία από όλες αυτές τις περιόδους.